我国大部分马地方品种，都是在各种特定的生态条件下，经长期培育而成，是我国极其丰富的遗传资源。它们共同的优点是体质健壮、耐粗饲、能适应当地的自然条件和社会经济条件。但是，它们的选择程度较低群体的外貌，体尺，性能等都不一致，参差不齐。为了保持该品种的优良特性，又要客服它的缺点，就可以采取本品种选育的方法，如三河马通过组织核心群，选择优良公马，进行个体选配和加强后代培育等有计划的选育工作，1955年时公马平均体高153厘米，而到20世纪70年代，公马体高已超过160厘米，河曲马1969年公马体高140厘米左右，1982年提高至145厘米。其他如哈萨克马通过本品种选育都有较大提高。
按配种公母马双方的个体品质进行选配，所谓品质，可以是体质类型，生物学特征、性能等，也可以是遗传品质。选择体质类型，生产性能相同的公母马交配，以期获得与双亲品质相似的后代，巩固加强它们的优点，就是同质选配。但要注意的是，须好的公马配好的母马，不能是一般的配一般的，双方只能有共同优点，而不能有共同缺点。母马用公马交配，母马用公马交配。
即根据交配双方的亲缘关系进行交配，可分为近交和远交，如亲子、祖孙、叔侄，全同胞间交配叫近交，远堂兄妹之间交配叫远交。近交既能巩固个体的有益性状，也会使近交后代生活力下降，适应性变差，繁殖力降低。因此，慎重地、巧妙地应用。对于马驴的选配，无论采用哪种方法，都要考虑配偶双方的年龄。凡是青年和年龄的个体都要选择壮龄的配偶，而青年或老龄公母之间不能交配。
