经过内审和管理评审，组织如果确认其环境管理体系基本符合ISO14001标准要求，对组织适用性较好，且运行充分、有效，可向已获得中国环境管理体系认证机构认可认可有认证资格的认证机构提出认证申请并签定认证合同，进入ISO14001环境管理体系认证审核阶段。
认证审核是认证机构受组织委托，以第三方身份对组织的环境管理体系与ISO14001环境管理体系标准的符合性和运行、保持的有效性进行审核验证，并确定是否向组织发放认证证书的过程。
为接受认证机构的认证审核，组织应做好充分准备，保持体系有效运行。认证机构会派出审核组，审核组将对组织实施认证审核。认证审核包括阶段审核和第二阶段现场审核。在组织完成第二阶段现场审核开具的不符合纠正并经过审核组验证关闭后，机构经过认证评定，将确定是否批准组织的认证注册和颁发认证证书。认证证书有效期三年，三年内，组织要多次接受机构的监督审核；三年后，组织要申请复审，重新注册获得证书，此过程同次认证取证。
除了要提供的基本的营业执照、组织机构代码证外 一般还需提供 ISO14001(环境管理体系)企业需提供的资料
1.技术标准/强制性标准清单(企业标准,国家标准,行业标准)
2.使用设备清单
3.人员情况(有无倒班,有无分包,有无季节性用工,及分场所人员情况,在建项目人员情况)
4.生产/加工或服务工艺流程图
5.管理手册,程序文件(包括Q,E,S,F体系)
6.组织机构图
7.厂区平面图（尤其是：污染物排放点分布图）
8.环境因素及重大环境因素清单（应对应至各部门、各生产区域的具体设备及工序点）
9.国家、行业及地方适用的法律、法规和强制性标准清单
10.环境评估监测报告
11.环境守法证明
本标准适用于任何有下列愿望的组织：
a) 建立、实施、保持并改进环境管理体系；
b) 使自己确信能符合所声明的环境方针；
c) 通过下列方式展示对本标准的符合；
1） 进行自我评价和自我声明；
2） 寻求组织的相关方（如顾客）对其符合性予以确认；
3） 寻求外部对它的自我声明予以确认；
4） 寻求外部组织对其环境管理进行认证/注册。 本标准规定的所有要求都能纳入任何一个环境管理。其应用程度取决于诸如组织的环境方针、它的活动、产品和服务的性质、以及它的运行场所及条件等因素。本标准还在附录A中对如何使用本标准提供了资料性的指南。
ISO14001是国际标准化组织（ISO）第207技术（TC207）从1993年开始制定的一系列环境管理国际标准，它包括了环境管理体系（EMS）、环境管理体系审核（EA）、环境标志（EL）生命周期评价（LCA）、环境绩效评价（EPE）、术语和定义（T&D）等国际环境管理领域的研究与实践的焦点问题，向各国及各类组织提供统一、一致的环境管理体系、产品的国际标准和严格、规范的审核认证办法。 环境管理体系是管理体系的组成部分，包括制定、实施、实现、评审、和维持环境方针所需的组织结构、策划、活动、职责、操作惯例、程序、过程和资源。
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