有些需要灭菌的材料不能受热，例如许多维生素溶液。因此，许多液体可以用过滤法来灭菌。过滤法不是将微生物杀死，而是把它们排除出去。过滤除菌采用两类器具，一类叫深层滤器，例如用烧结玻璃、不上釉的陶瓷颗粒或石棉压成的滤板等：另一类是滤膜。深层滤器已经使用了100年以上，有逐渐被滤膜取代的趋势，但因为大量沉淀物容易堵塞滤膜，所以一般先用深层滤器除去大的颗粒。 滤膜一般由醋酸纤维素、硝酸纤维素、多聚碳酸酯、聚偏氟乙烯等合成纤维材料制成。滤膜的孔径一般为0.2微米，它可以滤除绝大多数微生物的营养细胞。过滤法的大缺点是不能滤除病毒。 全办法主要用于气体、水、含有可溶性、不稳定物质的培养基、试验液体和液状医药品等。通常使用的过滤装置有膜过滤器，磁制过滤器、玻璃纤维过滤器等。
根据物品污染后导致感染的风险高低选择相应的消毒或灭菌方法： 1）高危险度物品，应采用灭菌的方法处理； 2）中危险度物品，应采用达到中水平消毒以上效果的消毒方法； 3）低危险度物品，宜采用低水平消毒方法，或做清洁处理；遇有病原微生物污染时，针对所污染的病原微生物种类选择有效的消毒方法 根据物品上污染微生物的种类、数量选择消毒或灭菌的方法： 1) 对收到致病菌芽孢、孢子、分枝杆菌和经学传播病原体污染的物品，应采用高水平消毒或灭菌； 2）对受到、亲水病毒、螺旋体、支原体、衣原体等病原微生物污染的物品，应采取中水平以上的消毒方法； 3）对受到一般和亲脂病毒等污染的物品，应采用达到中水平或低水平的消毒方法； 4）杀灭被有机物保护的微生物时，应加大消毒剂的使用剂量和/或延长消毒时间； 5）消毒物品上微生物污染特别严重时，应加大消毒剂的使用剂量和/或延长消毒时间； [3]
灭菌 灭菌是指采用强烈的理化因素使任何物体内外部的一切微生物永远丧失其生长繁殖能力的措施。灭菌常用的方法有化学试剂灭菌、射线灭菌、干热灭菌、湿热灭菌和过滤除菌等。可根据不同的需求，采用不同的方法，如培养基灭菌一般采用湿热灭菌，空气则采用过滤除菌。
消毒消毒是指用物理或化学方法消除或杀灭芽孢以外的所有病原微生物。只能将有害微生物的数量减少到不致病的程度，而不能完全杀灭微生物。也就是说只对繁殖体有效，不能杀死的芽孢，有的只起到的作用。所用的消物称消毒液。
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