扫描电镜在生物医学领域有广泛的应用，主要应用于细胞或组织样本表面超微结构的观察分析，例如细胞表面结构，气管，肠道，皮肤、纳米药物、生物医学材料、细菌、真菌等。
扫描电镜测试的样品制备相对简单，块状样品、粉末状样品、纤维状样品等均可观察。
在SEM测试中，为了获得较高的信号强度和扫描像分辨率，扫描电子束应具有较高的亮度和尽可能小的束斑直径。
扫描电镜测试的分辨率较高，传统扫描电镜的分辨率可达3nm，而场发射扫描电镜的分辨率更高，可达1nm。
在SEM测试中，样品的成分、加速电压等因素都会影响相互作用区，从而影响扫描图像的空间分辨能力。
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