实验室污水处理流程大致分为三个主要步骤，包括预处理，主要处理和二次处理。
1、是预处理，它旨在去除进入处理过程的大颗粒物和沉淀物。这些物质通常来自于实验室中的悬浮固体物质，比如细胞，细菌等。预处理可以采用镜像过滤，离心等方式。
2、是主要处理，主要处理的目标是去除水中的有机物质、氮和磷盐等污染物。这一步骤的实现通常采用生物处理方式，也就是通过微生物将污染物质分解掉，通常会使用生物滤池或污泥法系统来处理。
3、是二次处理，其目的是去除在主要处理中没有被去除的残余污染物，这需要进一步处理。例如，用深度过滤技术将污染物在化学过滤和膜过滤中去除。
焚烧法
①将可燃性物质的废液，置于燃烧炉中燃烧。如果数量很少，可把它装入铁制或瓷制容器，选择室外安全的地方把它燃烧。点火时，取一长棒，在其一端扎上沾有油类的破布，或用木片等东西，站在上风方向进行点火燃烧。并且，监视至烧完为止。
②对难于燃烧的物质，可把它与可燃性物质混合燃烧，或者把它喷入配备有助燃器的焚烧炉中燃烧。对多氯联苯之类难于燃烧的物质，往往会排出一部份还未焚烧的物质，要加以注意。对含水的高浓度有机类废液，此法亦能进行焚烧。
③对由于燃烧而产生NO2 SO2 或HCl 之类有害气体的废液，用配备有洗涤器的焚烧炉燃烧。此时，用碱液洗涤燃烧废气，除去其中的有害气体。
④对固体物质亦可将其溶解于可燃性溶剂中然后使之燃烧。
水解法
对有机酸或无机酸的酯类，以及一部份有机磷化合物等容易发生水解的物质，可加入氢氧化钠或氢氧化钙， 在室温或加热下进行水解。水解后，若废液害时，把它中和、稀释后，即可排放。如果含有有害物质时，用吸附等适当的方法加以处理。
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