经过内审和管理评审，组织如果确认其环境管理体系基本符合ISO14001标准要求，对组织适用性较好，且运行充分、有效，可向已获得中国环境管理体系认证机构认可认可有认证资格的认证机构提出认证申请并签定认证合同，进入ISO14001环境管理体系认证审核阶段。
为接受认证机构的认证审核，组织应做好充分准备，保持体系有效运行。认证机构会派出审核组，审核组将对组织实施认证审核。认证审核包括阶段审核和第二阶段现场审核。在组织完成第二阶段现场审核开具的不符合纠正并经过审核组验证关闭后，机构经过认证评定，将确定是否批准组织的认证注册和颁发认证证书。认证证书有效期三年，三年内，组织要多次接受机构的监督审核；三年后，组织要申请复审，重新注册获得证书，此过程同次认证取证。
除了要提供的基本的营业执照、组织机构代码证外 一般还需提供 ISO14001(环境管理体系)企业需提供的资料
1.技术标准/强制性标准清单(企业标准,国家标准,行业标准)
2.使用设备清单
3.人员情况(有无倒班,有无分包,有无季节性用工,及分场所人员情况,在建项目人员情况)
4.生产/加工或服务工艺流程图
5.管理手册,程序文件(包括Q,E,S,F体系)
6.组织机构图
7.厂区平面图（尤其是：污染物排放点分布图）
8.环境因素及重大环境因素清单（应对应至各部门、各生产区域的具体设备及工序点）
9.国家、行业及地方适用的法律、法规和强制性标准清单
10.环境评估监测报告
11.环境守法证明
本标准规定了对环境管理体系的要求，使一个组织能够根据法律法规和它应遵守的其他要求，以及关于重要环境因素的信息，制定和实施环境方针与目标。它适用于那些组织确定为能够控制，或有可能施加影响的环境因素。但标准本身并未提出具体的环境绩效准则。
IS014001环境管理体系标准是一个话用于任何组织的标准，由干行业之间,组织之间具体情况的差是,使许多组织不能理解标准的这一特点、标准的这一广泛活用件正反映了该标准是一个基本标准，是一个管理的框架。每个组织要理解标准的精要，才能在此基础上实施标准。
在实际操作中，实施ISO14001环境管理体系认证也有许多具体的步骤和方法。，企业需要了解并分析自身的环境因素，找出需要控制和改进的地方。其次，企业需要制定详细的环境管理计划和实施方案，明确责任和分工再次，企业需要定期进行环保检查和评估，确保环境管理体系的有效运行。后，企业还需要与认证机构合作，按照审核标准进行自查和整改，以达到认证要求。
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