玛瑙石有自然色的，也有后加工染色的。玛瑙的自然色很丰富常见的有如下几种颜色：
（1）红玛瑙：红是玛瑙的一种主色，一般玛瑙呈褐红色、酱红色、黄红色。有些玛瑙颜色表现不均匀，像南红玛瑙，其内部就有红色的点。
（2）蓝玛瑙：以淡蓝色为主，色较深时透明度较差，有时在蓝色玛瑙中分布一些其他色彩鲜艳的纹带。
（3）绿玛瑙：天然产出的绿玛瑙少见，者更为，价格也相对提高。
（4）紫玛瑙：紫色玛瑙较为少见，紫色有深有浅，其中以葡萄石多，这类玛瑙质地较粗，常常为半透明状，但内蒙狼血玛瑙紫色较为细腻。
（5）黑玛瑙：以黑色为主，微带青色或灰色，多数为半透明状。
（6）白玛瑙：呈乳白色或浅灰色，常与无色透明状玛瑙构成同心纹状、条带状。中间常有石英夹层。
（7）灰玛瑙：为深灰色、浅灰色或青色，有的具有不明显的同心条带，内部常有石英夹层或砂心。
（8）黄玛瑙：通常为淡黄色、橘黄色、褐黄色及浅黄色，有时与粉红、淡红、淡灰色玛瑙夹层构成美丽的纹带。
一般来说，所有的玛瑙都应该是：纹带美丽；颜色、明快的红、蓝、紫、粉红色；透明度好，即半透明；无裂纹、无砂心、无杂质。那质量的好坏取决于重量大小。玛瑙质量好坏的鉴别和经济价值的评定主要分级如下：
1．：块重约5公斤以上者。
2．：块重约2－5公斤者。
3．二级：块重约0.5－2公斤者。
4．三级：块重约0.5公斤以下者。
一般天然玛瑙有玻璃和油质光泽，天然图案色泽艳丽明快，自然，光洁细润；纹理自然流畅，主要的是玛瑙上有渐变色，其颜色分明，层次感强，条带明显。而品质一般的玛瑙的色彩和光泽均要差一些。通常玛瑙的颜色决定了它的升值潜力。各种级别的玛瑙，都以红、蓝、紫、粉红为好，颜色要透亮，且应该无杂质、无沙心、无裂纹。
