复合土工膜与周边边界严密结合，施工时可在地基和岸坡开挖锚固槽连接，如果地基是浅层砂砾石透水层，则应将砂砾石开挖掉，直至基岩然后浇筑混凝土底座，将土工膜固定在混凝土内，如果地基是不透水粘水层，可开挖深为2m，宽为4m左右的锚固槽，将土工薄膜置于槽内，然后密实回填粘土;如果地基是深厚的砂砾石透水层，可采用土工薄膜铺盖的方式进行防渗，其长度根据计算确定，铺盖部位整平，并铺设厚约30cm，大粒径为20mm的过渡层，同样膜上也要铺设过滤层，随后加设保护层，薄膜周边应与两岸岸坡不透水层严密结合，防渗薄膜与锚固槽的连接视薄膜与混凝土的允许接触渗透坡降确定。聚氯乙烯和丁基橡胶类薄膜可用粘合剂或溶化剂很好的粘着于混凝土面上，故嵌入长度适当可短些，因聚乙烯薄膜不能粘着于混凝土面上，故嵌上混凝土的长度至少为0.8m。
复合土工膜自身的连接，防渗薄膜的连接方式可归纳为三种，即粘结法、焊接法以及硫化法，视防渗薄膜的原材料的不同而选择，所有连接缝的抗渗性能均应进行检查，以防接缝连接不好而渗漏。
复合土工膜广泛应用于渠道防渗工程。土工合成材料在土木工程，尤其是在防洪抢险工程中的大量应用及其成效，引起了广大工程技术人员的高度重视。对于土工合成材料的应用技术，国家从防渗、反滤、排水、加筋、防护等方面，提出了规范性技术要求，大大加快了新材料的推广应用步伐。该材料在灌区渠道防渗工程中得到广泛应用，结合施工实践，浅谈复合土工膜的应用技术。
