专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
合同执行期间项目各项经济指标完成情况
1．资金到位情况
2．资金支出情况
3．项目各项经济指标完成情况
（1）项目实现销售收入情况（按年度分列）
（2）项目成本情况
（3）项目缴纳税金情况
（4）项目应承担的期间费用
（5）项目实现利润
注册会计师应当根据由审计证据得出的结论，清楚表达对财务报表的意见。注册会计师一旦在审计报告上签名并盖章，就表明对其出具的审计报告负责。
经济责任离任审计 ：指各类企业、事业单位的法定代表人在任职期间经济责任履行情况，并鉴证和评价是考核责任人在任职期间的经济责任和业绩。
清算（包括企业合并、分离、解散、破产）审计：各类企业单位、事业单位由于各种因素终止或企业破产时，对其清算期间的债权债务的清偿、资产的变现以及清算期间收益、损失、费用的支出的清算，合同约定的终止清算，税务的清算和清缴，企业在工商部门进行注销登记等审计。
审计类别及需要审计资料
A类
1、会计报表及附注;
2、全部账目;
3、会计凭证;
4、电子版科目余额表-1级至末级的期初、期末和累计发生额;
5、银行存款对账单、余额调节表;
6、房屋、车辆产权证明;
7、长短期投资，投资协议、被投资单位营业执照、被投资单位会计报表;
8、长短期借款合同 ;
9、固定资产折旧表;
10、存货盘点表;
11、纳税申报表及缴款书;
12、发票使用情况汇总表;
13、往来明细;
B、审计备查资料类：
1、营业执照 、开户许可证;
2、税务登记证;
3、组织机构代码证书 (三证合一仅需提供营业执照);
4、公司章程、协议;
5、设立、变更验资报告;
6、以前年度审计报告;
7、财务会计制度及相关内部控制制度;
8、股东会、董事会重大决议等文件;
