一个单位是否选择“代理记账”取决于该单位是否具备配备专职会计人员的条件，这应该由各单位根据自身会计业务的需要自主决定。一般而言，单位规模的大小、经济业务和财务收支的繁简程度、经营管理的要求等，是决定单位是否配备专职会计人员的主要因素。单位规模大、经济业务多、财务收支量大、在经营管理上要求高的单位，一般应该单设置会计机构并配备专职的会计人员，以便及时组织本单位各项经济活动和财务收支的核算，实行有效的会计监督，以会计工作的效率和会计信息的质量。
财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。
会计资料交接麻烦、不够规范。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。
代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务
代理记账机构内部管理混乱。实际执行中很多代理记账业务操作不规范、内部管理制度不健全现象十分普遍，部分代理记账机构的内部管理制度即使制定也是形同虚设。
