在堆粪仓中，动物粪便会经过一定时间的堆积和发酵，微生物会分解粪便中的有机物，产生热能和气体。经过一段时间的处理，粪便会分解成稳定的有机肥料，具备较高的养分含量和良好的肥效。同时，堆粪仓中的发酵过程也会产生大量的沼气，可用作燃料或发电。
粪垛可分为条垛模式和槽体模式。条垛模式可直接建在防渗漏的地面上，四周外围要均匀密实的压匀，无漏风点，防止雨水渗入粪垛底部，通风系统位于地面，土建成本较低。槽式模式需在防渗漏的地面上建好1.8米左右的堆粪场，将膜四周拉绳拉紧固定在堆粪场墙体挂钩上即可，处理能力可提高30%，土建成本较高。建粪垛时从一侧或一端开始，一次性堆至设定高度，不要拍打或压实物料堆，垛形规整，居于风管的正上方，风机要一直处于运行状态。堆好后，温度计插入堆体内，上面铺设膜覆盖系统。
堆粪仓还需要有通风设施，以促进粪便中的有机物分解和降解。 堆粪仓的使用可以有效地处理和利用粪便资源，减少环境污染，同时还可以生产有机肥料，提高农作物的产量和质量。此外，堆粪仓也可以帮助农民降低饲养成本，提高农业生产效益。
