高企认证的中介机构需符合：具备立执业资格，成立3年以上，近3年内无不良记录；承担认定工作当年具备执业资格（注册会计师、税务师）的人员占职工全年平均人数的比例不低于30%，全年月平均在职职工人数在20人以上。
高企认证的流程通常是： 1、企业申请，企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。 2、评审，认定机构应在符合评审要求的中，随机抽取组成组。组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。 3、审查认定，认定机构结合组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报领导小组办公室。
进行高企认证的企业的创新主要是自主创新，其特点为自主技术创新不可能在技术的每一个环节上都是创新的，但其中的核心技术或主导技术是由企业依靠自身力量立研究开发而获得的，这是“自主”的含义所在。目标具有率先性，自主创新的技术成果具有占性。知识和能力的支持是创新成功的内在基础和必要条件。自主开发技术的创新模式，主要用于全新创新或重大的突破性技术创新，它需要有很大研究与发展的投入，有较雄厚的技术力量，并有较多的技术积累。在竞争中取得地位时，采取这种模式。
认定好处： 1、凡经认定的，企业所得税税率由原来的25%降为15%，相当于在原来基础上降低了40%(详见08年1月起实行的《企业所得税法》二十八条)，连续三年，三年期满之后可以申请复审，复审通过继续享受三年税收优惠。(如年纳税100万，申报通过当年，即可享受减免40万的优惠，三年就可减免120万税收，六年则减免240万); 2、经认定的可凭批准文件和《认定证书》办理享受国家、省、市有关优惠政策，更容易获得国家、省、市各级的科研经费支持和;称号将会是众多政策性如资金扶持等的一个基本门槛。 3、的认定，将有效地提高企业的科技研发管理水平，重视科技研发，提高企业核心竞争力，能为企业在市场竞争中提供有力的，地提升企业形象，无论是广告宣传还是产品招投标工程，都将有非常大的帮助。 4、不仅能减免企业所得税，无论对于何种企业都是一个难得的的认证，对依靠科技立身的企业更是不可或缺的硬招牌，其影响力仅次于中国产品、产品。
研发费用直接投入核算2.1核算难点 《工作指引》中较明确规定了直接投入的开支范围，但企业实际发生的研发费中的材料费品种繁多，部分领料单上亦未写明具体用于什么研究开发项目，直接投入的认定和分配缺乏可靠的依据。 此外，很多申报企业特别是中小型企业以前年度并没有立设置研发费用科目，发生的研发费分别记载于不同的会计科目，如实验车间成本、管理费用、其他业务支出、在建工程、专项应付款等，而不同会计科目之间又不存在对申报明细表而言的勾稽关系。因此，申报企业将非研发材料成本计入研发直接投入中的人为操作空间很大。2.2应对措施a.总量领用的合理性判断； b.研究开发材料领用的月均波动情况是否合理； c.领用材料与研究开发项目的相关性判断，必要时可以考虑利用外部工作。如：聘请行业，对研究开发项目有关直接投入的品种、数量、质量等因素的合理性、相关性进行评价； d.对研究开发材料所形成的实物成果进行盘点及残次品的销售进行综合判断。如：电缆生产企业研究开发项目领用的铜等重要材料，在考虑残次品销售的前提下，需要对期末实物库存的合理性进行判断。
研发人员的统计1.1统计的难点a.部分申报企业特别是中小型企业的管理层，在对整个企业的生产、经营进行管理的同时，往往也参与研究开发工作，如何将其薪酬计入研究开发活动没有明确规定。b.有些研究开发项目的研究开发活动涉及多个部门，甚至多个企业，在这种情况下人员人工的归集和分配也比较困难。c.有不少申报企业为了达到增加研究开发费用总额的目的，将研究开发项目立项书中未列示的管理人员（包括）、生产人员的薪酬计入研究开发人员人工。 1.2应对措施a.检查应付工资、管理费用明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、教育背景（必要时通过检查明，以确定研发人员是否具备相关背景）、工作经验和参加社会保险等资料，结合研究开发部门人员名单，确定研发人员的工用是否真实，计算是否准确。 b.对受雇的研发人员，需取得累计实际工作时间在183天以上的证据。 c.对企业存在多个研究开发项目的，按实际参与的项目进行归集。若研发人员同时参与两个或两个以上项目，应按统计的工作量进行分摊。如申报企业因不能准确地对工作量进行统计而常采用其他方法进行分摊，应检查其分摊的合理性。
