目前的生态厕所利用率多的是微生物菌种分解粪便的厕所，它利用其生长繁殖活动对粪便中可利用的大分子有机化合物进行生物降解并转化为菌体生物量。
第三代完善型生态厕所，在第二代的基础上，增加负压通风系统，充分改善了厕内的如厕环境。第四代创新型生态厕所，是生态厕所发展的里程碑，它有许多关键点的突破，比如动态的固液分离器；自动出渣装置；用电量的大幅下降等等。
粪污无害化
粪尿中含有大量的有机物、恶臭及致病微生物，通过环境工程等手段，使这些污染物得到妥善处理，终将粪污无害化，在达到环境许可的条件后，排入周围环境，不对环境造成破坏。
生态厕所在使用功能上与传统厕所相同，增加的净化单元不仅可以与新型厕所组成一个有机整体，而且可以用在现有厕所的改造和更新上，净化处理单元与现有厕所可以很方便地结合起来，实现现有厕所的升级换代。
太阳能公厕的原理是对建筑外墙进行保温，并把向阳面做成集热墙。集热墙上下部分别设可调式通风口，利用物理原理使吸热体内的热空气与室内的冷空气之间形成自动循环，达到冬季提高公厕内室温，防止厕内水管冻裂的目的。
通过各种技术手段或社会分工协作，对厕所所收集的粪污进行就地处理或异地处理，使粪污无害化后再回归于环境。在进行粪污处理时，往往会带来一些附加的好处，例如回收了粪污中的有用成份用于制药、制肥或回收水资源。
