目前，国内现有的一些畜禽粪便发酵技术普遍存在着发酵，远距离运输，集中处理高成本的问题。同时因为发酵工艺落后，占地面积大，发酵过程中因发酵工艺落后造成地下水的污染和因发酵不全产生的气味，使蚊蝇滋生对周围环境产生严重影响。同时发酵生产受气候影响严重，雨雪天无常工作，冬季因低温导致设备无法处理粪便的现象。发酵时间普遍长达1-2个月，耗费工作人员数量多。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。
此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
生物菌肥是一种由生物菌种（如细菌、真菌等）经过发酵或培养后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，这些微生物能够分解有机物质，提供植物所需的营养元素，并促进植物生长。 生物菌肥具有以下特点：
1. 提供多种养分：生物菌肥中含有丰富的有机质和微量元素，这些养分对植物生长发育至关重要。
2. 促进土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能够分解有机物质，释放出更多的养分，并促进土壤中其他微生物的繁殖和活动，改善土壤质地和结构。
3. 增强植物力：生物菌肥中的益生菌能够与植物形成共生关系，提高植物的抗病能力，减少病虫害的发生。
4. 环境友好：生物菌肥不含化学合成的肥料成分，对环境污染较小，使用后不会对土壤和水体造成负面影响。
微生物菌肥集生物菌、中草药、矿物质三效合一，从二十余味中草药及海藻中发酵出的多糖类、生物碱类、类、腐殖酸类、海藻素等生物活性成分，为作物补充高能量物质及功能性物质，能够开启并促进植物次生代谢。
微生物菌的用量，目的是为了防治根结线虫及其它病害，微生物用量加大了，可大大减少其它药剂的用量，还可以改良土壤，为作物提供好的微生态环境，促进生根，增强作物长势，提质增产。中草药制剂青枯立克具有结合的，含有的小檗碱、皂苷素类物质可以直接杀死病原菌，含有的多糖、多肽等高能量物质可以为其补充营养物质，增强作物抗逆性，防病治病的同时，营养复壮作物，标本兼治。
生物菌在植物根区迅速增殖，形成优势菌群，占据生态位点，抑制有害菌的侵染，可诱导植物产生过氧化酶、酯氧合酶、β—1.3葡聚糖酸等多种功能物质防御病害。 适用作物：适用于各种作物 用法用量:做底肥使用，将本产品均匀的撒施于土壤表面，然后旋耕于地表下5-10厘米或者锄地进行土壤覆盖；亦可与有机肥、农家肥、化肥混合，进行穴施、沟施、撒施（需深翻） 果树、蔬菜、中药材、茶等经济作物50-100公斤/亩，粮食等普通组作物50公斤/亩 作物生长期，配合冲施2-3次青枯立克和地力旺（液体）效果更佳。
