冷藏集装箱广泛采用机械式制冷装置，分为制冷式和冷藏式两种。冷冻式冷藏集装箱箱内温度在-18℃以下，用于运输冷冻食品，如猪肉、牛肉、鱼和家禽。冷藏式冷藏集装箱箱内的温度一般为5℃~16℃，适合水果、蔬菜、花木等运输。国际间通用的冷藏集装箱一般是冷冻冷藏箱。冷冻装置和加热装置可以根据使用要求任意调节箱内温度，可以运输冷冻食品，可以运输冷却食品或其他货物。
很多货主在出口冷藏货物装箱的时候，会将冷藏集装箱预冷到设定温度，这种做法其实有可能会对货物和冷藏集装箱两者都带来不良影响，这是不科学的做法，会因此不能的集装箱冷藏(冻)运输。
冷藏集装箱在冷却过程中经常发生故障，造成这种故障的原因很多。例如，冷藏集装箱在运行时设定的温度与人工实测的温度相同，但冷武箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探测器出现故障。虽然还有其他故障原因，但不管是什么原因，都要准备检查和维修。
