目前来看，高新技术服务费有两种主要模式 一、固定金额 即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。 二、比例提佣 即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
认定程序如下：
（一）企业申请
企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在“认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。申请时提交下列材料：
1. 认定申请书；
2. 企业依法成立的相关注册登记；
3. 知识产权相关材料、科研项目立项、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料；
4. 企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料；
5. 企业职工和科技人员情况说明材料；
6. 经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
7. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
8. 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
（二）评审
认定机构应在符合评审要求的中，随机抽取组成组。组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。
（三）审查认定
认定机构结合组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报小组办公室。认定企业由小组办公室在“认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“证书”；有异议的，由认定机构进行核实处理。
第十三条 企业获得后，应每年5月底前在“认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。
第十四条 对于涉密企业，按照国家有关保密工作规定，在确保涉密信息安全的前提下，按认定工作程序组织认定。
健全内部控制制度
确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立账册，进行单核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
