医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素治疗诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。不同部门科室产生的污水成分和水量各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等。而且不同性质医院产生的污水也有很大不同。医院污水较一般生活污水排放情况复杂。
医用污水处理的原则是：分质分流，局部分隔治理，把污染就近消灭在污染源。主要处理方法为沉淀与消毒。我国常用的消毒剂为液氯，近年来，为了提高消毒效率及不产生二次污染多趋向采用臭氧化法消毒，消毒处理后均可达到排放标准。处理过程中产生的污泥常采用石灰消毒法及高温堆肥法进行处理。
根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。主要采用的工艺有三种：加强处理效果的处理、二级处理和简易生化处理。医院污水处理一般采取工程设计、建设及验收的操作与管理办法，其处理设施需经过一定时间的试运行，处理效果才能达到预期目的。化学法治理需经一个月的试运行，二级生化法处理需经三个月以上的试运行。因此，小型综合医院（主要包括城市卫生服务社区、乡镇卫生院）亟需寻求一种资金投入较少、建设周期较短、安全稳妥达标的技术方案（设备）。
