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老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
土层瘠薄或地下水位高，树冠较小；土层深厚肥沃，树冠较大。驳枝繁殖的植株主干不明显，且多为3～4条主干，成多干型，树冠较开张，成半圆头形；实生植株，主干明显，成单干型，树冠多成圆头形。
由结果母枝抽出的能开花结果的枝条称结果枝。荔枝的花芽是混合芽。当花穗发育过程遇高温时，抽出带叶花序的结果枝；当花穗发育过程遇低温时，抽出不带叶的纯花序，结果枝不明显，变成花序的主轴。
荔枝为聚伞花序，圆锥状排列。花穗由主穗、侧穗、支穗及花组构成。主穗基部（龙头桠）及叶腋处还抽生若干腋侧穗。
一个小花组一般由三个花蕾组成，品字形排列，二个小花组和中间一个单花蕾即七个花蕾构成一个花组。有些大穗型的花穗还由二个花组和中间一个单花蕾，即15个花蕾组成一个大花组。一般2～7个花组（或大花组）构成一个支穗。
3～10个支穗组成一个侧穗。6～20个侧穗和若干腋侧穗组成一个聚伞圆锥花序。荔枝花序上小花着生的疏密因品种而异。
