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荔枝根系因苗木繁殖方法不同而异。实生树及嫁接树有发达的主根；高压（圈枝）繁殖的荔枝侧根须根发达，没有主根。荔枝的根系由很多粗壮发达的侧根和纤细茂密的细根所组成，初生的幼根白色，肉质，质脆易断，俗称“豆芽根”。
老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
荔枝树树体高大，百多年生的树高16.0米以上，树冠直径15.0米以上，主干粗大。树皮粗糙成微龟裂状，但较龙眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
枝梢的叶芽和花芽均是单芽，且裸露，但顶芽有雏叶包围保护。枝梢优势强，顶芽容易萌发成枝；腋芽，强枝者只有1～2个能萌发，其余均为潜伏芽。新梢老熟后有的枯死，由侧芽变成顶芽。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20～30厘米，徒长枝长达60～100厘米。末次梢营养充足生长良好，次年能抽穗开花者，称为结果母枝。
一个小花组一般由三个花蕾组成，品字形排列，二个小花组和中间一个单花蕾即七个花蕾构成一个花组。有些大穗型的花穗还由二个花组和中间一个单花蕾，即15个花蕾组成一个大花组。一般2～7个花组（或大花组）构成一个支穗。
