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老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
荔枝树树体高大，百多年生的树高16.0米以上，树冠直径15.0米以上，主干粗大。树皮粗糙成微龟裂状，但较龙眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
土层瘠薄或地下水位高，树冠较小；土层深厚肥沃，树冠较大。驳枝繁殖的植株主干不明显，且多为3～4条主干，成多干型，树冠较开张，成半圆头形；实生植株，主干明显，成单干型，树冠多成圆头形。
枝梢的叶芽和花芽均是单芽，且裸露，但顶芽有雏叶包围保护。枝梢优势强，顶芽容易萌发成枝；腋芽，强枝者只有1～2个能萌发，其余均为潜伏芽。新梢老熟后有的枯死，由侧芽变成顶芽。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20～30厘米，徒长枝长达60～100厘米。末次梢营养充足生长良好，次年能抽穗开花者，称为结果母枝。
由结果母枝抽出的能开花结果的枝条称结果枝。荔枝的花芽是混合芽。当花穗发育过程遇高温时，抽出带叶花序的结果枝；当花穗发育过程遇低温时，抽出不带叶的纯花序，结果枝不明显，变成花序的主轴。
