老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
土层瘠薄或地下水位高，树冠较小；土层深厚肥沃，树冠较大。驳枝繁殖的植株主干不明显，且多为3～4条主干，成多干型，树冠较开张，成半圆头形；实生植株，主干明显，成单干型，树冠多成圆头形。
荔枝枝梢的特性因品种而异。禾荔的枝条密而短；大造、水东疏而长；桂味硬而脆。荔枝新梢黄绿色，表皮着生许多灰白色的圆形或椭圆形的斑点；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝条颜色较深。
