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荔枝根系因苗木繁殖方法不同而异。实生树及嫁接树有发达的主根；高压（圈枝）繁殖的荔枝侧根须根发达，没有主根。荔枝的根系由很多粗壮发达的侧根和纤细茂密的细根所组成，初生的幼根白色，肉质，质脆易断，俗称“豆芽根”。
荔枝树树体高大，百多年生的树高16.0米以上，树冠直径15.0米以上，主干粗大。树皮粗糙成微龟裂状，但较龙眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20～30厘米，徒长枝长达60～100厘米。末次梢营养充足生长良好，次年能抽穗开花者，称为结果母枝。
荔枝枝梢的特性因品种而异。禾荔的枝条密而短；大造、水东疏而长；桂味硬而脆。荔枝新梢黄绿色，表皮着生许多灰白色的圆形或椭圆形的斑点；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝条颜色较深。
荔枝为聚伞花序，圆锥状排列。花穗由主穗、侧穗、支穗及花组构成。主穗基部（龙头桠）及叶腋处还抽生若干腋侧穗。
荔枝花型有雌花、雄花、两性花和变态花四种。雌花、雄花数量多，生产上作用大，两性花数量较少，变态花授粉不良，故在生产上作用不大。
