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臭氧杀菌原理以氧化作用破坏微生物膜的结构实现杀菌作用。臭氧作用于细胞膜，使膜构成成份受损伤而导致新陈代谢障碍，臭氧继续渗透穿透膜而破坏膜内脂蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，导致细胞溶解、死亡。而臭氧灭活病毒则认为氧化作用直接破坏其核糖核酸RNA或脱氧核糖核酸DNA物质而完成的。
臭氧水杀灭情况有些不同，其氧化反应有两种，微生物菌体既与溶解水中的臭氧直接反应，又与臭氧分解生成之羟基OH的间接反应，由于羟基OH为氧化性的氧化剂，因此臭氧水的杀菌速度极快。
臭氧能氧化分解细菌、病毒内部氧化葡萄糖所的葡萄糖氧化酶，并直接与细菌、病毒发生作用，氧化并穿透其细胞壁，破坏其细胞器和核糖核酸，分解DNA、RNA、蛋白质、脂质类和多糖等大分子聚合物，使细菌、病毒的新陈代谢和繁殖过程遭到破坏，而夺取细菌病毒的生命。同时还可以渗透细胞膜组织、侵入细胞膜内作用于外膜脂蛋白和内部的脂多糖，使细胞发生通透性畸变，导致细胞溶解性死亡，并将死亡菌体内的遗传基因、寄生菌种、寄生病毒粒子、噬菌体、支原体及热源（内毒素）等溶解死亡。综观无菌技术对微生物作用的原理可分为型、杀菌和溶菌型三种。臭氧灭菌消毒属于溶菌型剂体，可以达到“、地消灭物体内部所有微生物的目的”，不仅这样而且它的作用是瞬间完成的。
常用的臭氧发生器都是通过放电管高压放电产生的臭氧，有通过纯氧放电的，也有空气放电的。
臭氧有很强的消毒作用，所以直接的效果就是，防止腐烂。臭氧可以与乙烯反应，后者是促进果蔬成熟的主要物质，因此臭氧可以有效的延长果蔬的保鲜期。臭氧去除农药的说法有点扯淡了，说不一定有能够被氧化的集团，其次即使被氧化了，氧化后物质是否依旧有毒没人做过研究。而且据相关数据表明，低浓度臭氧对农药的净化能力，和用流水冲洗差不太多，但是提高浓度明显导致果蔬营养流失，所以这点不可信。臭氧水倒是有不错的消毒杀菌漂白作用，可以用来洗衣服，浓度表太高哦。（其实原理和双氧水类似）保养的话，那东西主要就是对变压器，放电管进行保养，其干燥。
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