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医院酸性废水主要来自于检验项目或化学清洗剂。 酸性废水腐蚀排水管道，与金属反应产生氢陵柜员试气，浓度较高时与水接触放热，与盐类接触发生爆炸。 酸性废水引起废水整体pH值的变化，也会引起和促成其他化学物质的变化。 氮化钠等物质在酸性条件下能生成叠氮化钠（NaN3），引起爆炸，且有很强的毒性。 对酸性废水常采用中和处理。以氢氧化钠、石灰作为中和剂，加入酸性废水中通过搅拌达到目的。
废水处理:废水主要来自各种口腔门诊和计测仪器仪表中使用的汞。 危害，进入水体后可转化为有机汞，并通过食物链的富集浓缩。 废水处理方法包括铁屑还原法、化学沉淀法、活性炭吸附法和离子交换法。
医院污水处理主要是消毒，即杀灭病原体。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(见水的消毒、废水氧化处理法)。
医院各部门的功能、设施和人员组成情况不同，产生污水的主要部门和设施有：诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X光照像洗印、动物房、同位素治疗诊断、手术室等排水。医院行政管理和医务人员排放的生活污水，食堂、单身宿舍、家属宿舍排水。不同部门科室产生的污水成分和水量各不相同，如重金属废水、含油废水、洗印废水、放射性废水等。而且不同性质医院产生的污水也有很大不同。医院污水较一般生活污水排放情况复杂。
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