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二氧化氯法：二氧化氯(ClO2)是一种强氧化剂，它在水中的溶解度是氯的5倍，其氧化能力是氯气的215倍左右。它可以杀灭一切微生物，同时有效破坏水中的微量有机污染物，很好地氧化水中一些还原状态的金属离子。其大的优点在于与腐殖质及有机物反应几乎不产散性有机卤化物，不生成并抑制生成有致癌作用的三卤甲烷，也不与氨及氨基化合物反应，因此非常适合用于医院污水处理。

医院排出的放射性废水常用贮存衰减法处理。医院常用的放射性同位素如131碘,32磷,198金，24钠等是半衰期较短的同位素，因此可以将放射性污水贮存于地下衰变水池内,贮存时间为10倍于半衰期,把放射性浓度降到容许排放的程度。如果放射性污水的浓度很低，水量很小，也可用稀释法处理。中国的《放射性防护规定》要求每一微居里放射性同位素达到容许排放浓度需稀释水量1.67米3。当放射性污水浓度很高,放射性的半衰期很长，不宜用贮存法和稀释法处理时，可用蒸发法、离子交换法或凝聚沉淀法进行分离浓缩处理（见放射性废水处理）。

医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能（高温堆肥），有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理（见污泥焚烧）。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果好。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20～30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。
对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。 医用污水处理的强化处理一般采用混凝沉淀、过滤、气浮等工艺。过滤的固液分离方式需要反冲，操作管理较为复杂，而气浮工艺中气体释放易导致二次污染。所以医用污水中一般采用混凝沉淀工艺。
简易生化处理工艺的流程为“沼气净化池→消毒”。沼气净化池分为固液分离区、厌氧滤池和沉淀过滤区。三区的主要功能分别为去除悬浮固体，吸附胶体和溶解性物质，进一步去除和降解有机污染物，后通过沉淀和过滤单元去除剩余悬浮物和降解有机污染物，出水质量。所产生沼气根据气量大小作不同的处理，当1m3污泥制取沼气达15m3以上时，收集利用；当1m3污泥制取沼气不足15m3时，收集燃烧处理。 沼气净化池利用厌氧消化原理进行固体有机物降解。沼气净化池的处理效率优于腐化池和沼气池，造价低、动力消耗低，管理简单。 作为对于边远山区、经济欠发达地区医用处理的过渡措施，逐步实现二级处理或加强处理效果的处理。
根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。主要采用的工艺有三种：加强处理效果的处理、二级处理和简易生化处理。医院污水处理一般采取工程设计、建设及验收的操作与管理办法，其处理设施需经过一定时间的试运行，处理效果才能达到预期目的。化学法治理需经一个月的试运行，二级生化法处理需经三个月以上的试运行。因此，小型综合医院（主要包括城市卫生服务社区、乡镇卫生院）亟需寻求一种资金投入较少、建设周期较短、安全稳妥达标的技术方案（设备）。