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医疗废水处理流程如下：
预处理+处理+二级处理+深度处理+消毒+出水
改变医院废水水质的过程。主要是杀灭废水中的致病微生物。为了提高消毒效果，在消毒前可对废水进行预处理，包括和二级处理。
消毒：
医疗废水消毒处理方法有氯化法、臭氧法、紫外线消毒法。氯化法消毒中主要有液氯法、投氯酸钠和二氧化氯法等三种。
为消灭废水或污泥中的病原体或使之灭活而进行的处理过程。分为废水消毒和污泥消毒。
医疗污水处理流程
医疗机构污水中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂，以及大量病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒，如蛔虫卵、肝炎病毒、结核菌和痢疾菌等。此外，在设有同位素诊疗室的医疗机构污水中还含镭226、磷、金198、碘131等放射性物质。与工业污水和生活污水相比，它具有水量小，污染力强的特点。如任其排放，必然会污染水源，传播疾病。
医疗污水处理流程一、曝气生物滤池工艺处理
原污水先经格栅去除漂浮物，再经沉淀池分离泥砂等颗粒物，经调节均匀后泵至BAF进行生物处理，出水经二氧化氯消毒后达标排放。反冲洗出水回流至沉淀池，沉淀分后的污水循环处理。
医疗污水处理流程二、膜生物反应器对医疗机构污水处理
某医疗机构是一家中西医结合的综合性医疗机构，住院部有病床200张，根据国家相关定额标准,确定排水量为700 L/ (床•d) ,小时变化系数为2.2。因此设计排水量为:日排放污水量140 吨/ d ,小时平均流量5.83 吨/ h ,大小时排水量12.83 吨/ h。
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