在使用二手冷藏集装箱运输水果的时候，需要考虑到水果的呼吸作用和乙烯的催熟作用，从而对箱内的环境加以控制。 气调法是比较常用的一种方法，就是指将果蔬用气密材料包裹，使果蔬和周围的气体不能进行交换，而果蔬可以依靠自身的呼吸作用，使储藏环境的气体含量达到适宜的标准；也可以适当冲入气体，来维持各种气体的平衡。然后就是连续气调法，这种方法是指通过检查仪器，对冷库内部的气体含量进行检测与调整，冷库内部的各种气体的成分与设定的标准相一致。 有时候还会利用高锰酸钾吸收乙烯的化学原理，来减少二手冷藏集装箱内部乙烯的含量，调节各种气体的比例。
请务必合理的装载货物，如果您将货物过多的装载到箱内，大负荷高度不应超过集装箱的红色载重线。不然会影响到冻柜内部的冷风循环，引起风力循环不畅导致冷柜保温效果变差甚至失效。冻柜集装箱装货时，将货物摆放至 T 型地板边缘。 这可确保在整个集装箱内有均匀的空气流通。如果货物不够填满 T 型地板，建议用填充物或衬垫塞满空位。 这种方法也可用于填充托盘之间的中间板面上的空隙。遵循以下指引，您可确保冰冻柜集装箱中的空气按您想要的路线在商品周围流通，而不是绕过整箱货物。
冷藏集装箱租赁期应包括内外检查、箱门检查、清洁检查和部件检查。要检查冷藏集装箱6个内外破损、变形、破损、漏水、漏光等情况，门、锁是否完好，冷藏集装箱是否有残留物，污染、水淹、腐蚀臭味等。并检查平台容器支架、平台容器、加固结构容器的上部外缘及其他附件是否完好。
很多货主在出口冷藏货物装箱的时候，会将冷藏集装箱预冷到设定温度，这种做法其实有可能会对货物和冷藏集装箱两者都带来不良影响，这是不科学的做法，会因此不能的集装箱冷藏(冻)运输。
冷藏集装箱有外置式和内置式两种，温度可以在特定范围内调节。内置型集装箱在运输中可以自由启动制冷机，将集装箱保持在温度，另一方面，外置集装箱需要集装箱车、船、放置站所配备的制冷机。适合夏天运送黄油、巧克力、冷冻海鲜、炼乳等。
冷藏集装箱在冷却过程中经常发生故障，造成这种故障的原因很多。例如，冷藏集装箱在运行时设定的温度与人工实测的温度相同，但冷武箱温度记录表盘显示的温度和前者相差很大，表明温度感温探测器出现故障。虽然还有其他故障原因，但不管是什么原因，都要准备检查和维修。
