蚯蚓粪是本身就是一种黑色、均一、有自然泥土味清香的物质，疏松、多孔的团粒性结构。具有很好的通气性、排水性和高持水量。蚯蚓粪因有很大的表面积和胶体网状特性，使得许多有益微生物得以生存。这种特的物理结构和胶体特性使得它有着神奇的吸附作用。
由于蚯蚓粪中含有高达45%以上有机物和无机营养物以及植物生长激素，与其他肥料相比，具有卫生、无异味、颗粒细小均匀，吸水保水、透气等性能还富含有益微生物，这些都是其他合成肥料所不具备的，因此可作为园林花卉、温室大棚种植的有机肥。
它所含的吲哚乙酸、赤霉素等激素能促进植物生长；所含黄腐酸对植物（如花椒、番茄）生长量、叶面积等亦有明显促进作用。
能改善被污染土壤和改善土壤肥力随着工业的发展，重金属对土壤和农作物的污染越来越严重。土壤中的重金属除部分被植物吸收外，绝大部分都会长期积存在土壤中而难以消除。当有毒重金属如铅、镉、砷等被农作物吸收后，便会被畜禽和人类摄入体内，给健康带来不利影响。蚯蚓粪颗粒小，具有多孔性，比表面积庞大，吸附能力强，可以较大程度地吸附土壤中的重金属； 蚯蚓粪中的腐殖酸也是一种很强的吸附剂，能吸附可溶态重金属而降低其生物有效性；蚯蚓粪中的大量微生物群本身就能与土壤中各种有机和无机胶体相互作用而对重金属进行吸附、富集、沉淀等，从而降低重金属的可利用性。由此可见，蚯蚓粪在修复土壤、钝化土壤中有害重金属方面也起到重要作用。
在改善土壤物理结构和肥力方面蚯蚓粪亦有重大贡献。蚯蚓粪本身具有的团粒结构，施入土中后，在大量微生物不断作用下，土壤可释放出有效养分，同时增加腐殖质含量。腐殖质与钙离子结合并与土粒凝聚成结构稳定的团粒结构，从而改善土壤的物理性状。
