认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」予以奖励。
通过认证之工厂或产品，于十二个月内累计年度缺点达三次者，由认证执行机构报请推行取消该工厂或产品之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂或其产品被取消食品GMP认证资格者，于取消通知文到日起六个月内，不得以被取消认证资格之工厂或产品，再申请食品GMP认证。
食品GMP现场评核人员应符合「食品GMP现场评核委员遴选作业要点」之规定。
制订和实施GMP的主要目的是为了保护消费者的利益，人们饮食安全；同时也是为了保护食品生产企业，使企业有法可依、有章可循；另外，实施GMP是和法律赋予食品行业的责任，并且也是中国加入WTO之后，实行食品质量制度的需要----因为食品生产企业若未通过GMP认证，就可能被拒之于国际贸易的技术壁垒之外。
GMP的中心指导思想是：食品质量是在生产过程中形成的，而不是检验出来的。因此强调预防为主，在生产过程中建立质量体系，实行全面质量，确保食品质量。
