大孔树脂骨架部分的性质与凝胶树脂基本相同，但大孔树脂具有且孔径较大的物理孔结构。这一特性使大孔树脂在耐污染、机械强度、抗氧化性等使用性能方面比凝胶树脂更具优势，但大孔树脂的交换容量一般会相对较低，且制造成本相对较高。
铁可以作为亚铁或三价无机盐或作为隔离的有机络合物存在于水中。亚铁在树脂中交换，但三价铁不溶，不会。三价铁涂层阳离子树脂，防止交换。使用酸或强还原剂来除去这种铁。有机结合的铁通过阳离子单元并污染阴离子树脂。将其与有机材料一起除去。存在于某些井水中的锰以与铁相同的方式污染树脂。
铝通常以氢氧化铝形式存在，由铝酸钠或铝酸钠用于澄清或沉淀软化。如果铝絮状物通过过滤器，则将树脂涂在钠沸石软化剂中。用酸或苛性碱清洗即可将其除去。通常，铝在脱矿质系统中不是污垢，因为在正常再生期间铝从树脂中除去。
