可以说复合碘是一种比较好的杀菌剂，具有杀菌速度快、杀菌广谱、水体环境适用度宽等特点。所以，复合碘在虾蟹养殖中是除了生石灰、二氧化氯、漂白粉、聚维酮碘之外的另外一个具有很好杀菌效果的碘制剂杀菌剂。
复合碘还可以用于治疗细菌性或病毒性疾病，在这方面复合碘有非常等的疗效，比如一些顽固性的烂鳃，只要坚持使用复合碘半个月就会得到很好的控制，但是在使用时需要注意碘的浓度要低于50ppm，否则对鱼类有毒，而且清洗过器具的消毒水[紫药水 即2%的甲紫溶液，甲紫又称龙胆紫。]应避免直接倒入养殖鱼塘。
虾塘复合碘阴雨天气可以使用吗
虾塘复合碘阴雨天气不可以使用，一般在早上或者傍晚使用复合碘制剂，因为复合碘制剂遇到光之后便容易分解，而光照在早上或者傍晚通常比较弱，有利于药效的发挥。2不可以在阴雨天使用复合碘制剂，避免出现缺氧的情况，也不宜在正午使用，因为正午有强烈的阳光，容易降低药效。
复合碘水产消毒时间
一般在第二次杀虫后的第二天，用复合碘溶液对整个塘口进行消毒，好的消毒时间是在阳光明媚的早晨，另外使用鳃腐康预防塘口出现烂鳃病
复合碘和分析纯碘有什么区别
复合碘和纯碘区别在于二者不是一类物质，用途作用都不相同。根据查询相关资料区别如下：
成分不同。复合碘伏含有碘、乙醇、醋酸氯己定等成分。碘伏的成分是单质碘与聚乙烯吡咯酮，主要是依靠碘释放的分子点起到抗菌作用。
表面活性剂分为离子型表面活性剂（包括阳离子表面活性剂与阴离子表面活性剂）、非离子型表面活性剂、两性表面活性剂、复配表面活性剂、其他表面活性剂等。
