庭院种菜、阳台种菜和楼顶种菜主要的问题是肥料问题，人们都不情愿使用化学肥料，选择合适的自制肥料是一个很伤脑筋的问题。有人说，利用大豆制作有机肥成本太高，但是却忽略了一个核心问题，那就是在自己家里种植的蔬菜是自己吃的，能吃上安全的蔬菜才是重中之重，况且用量不大，成本也不是太高。
大豆发酵有机肥的有效方法： 将大豆直接埋进土壤、煮熟以后埋进土壤或者粉碎以后施入土壤作为花肥或者种菜都会产生烧根、烧苗等不良现象，也只有充分腐熟以后才能使用，这是种菜养花者明白的事情。
堆肥。将初处理的大豆加水，加水量一般为大豆重量的65-70%，然后加入适量的红糖水或者EM菌，橘子皮、柠檬皮或者橙子皮，放进容器内拌匀，然后盖上一次麦糠、稻壳等进行保湿，然后放在温度较高的地方进行堆沤。 当堆肥开始发热，就需要注意，当温度上升到65-70℃时，将容器内的大豆进行搅拌，然后补充水分，让含水量达到65%左右。经过2-3次翻堆，不在发热的时候，说明已经完全发酵。发酵时间一般在7天以上，外界温度越高，发酵速度越快。 腐熟以后的大豆堆肥可以作为基肥，也可以穴施，肥效很高，需要注意远离根系和使用量。
