已废止，各地工商管理部门应不再办理发放新证。2015年11月10日，国家工商行政管理总局发布关于废止《流通环节食品安全监督管理办法》和《食品流通许可证管理办法》的决定（国家工商行政管理总局令第79号），决定废止《食品流通许可证管理办法》（2009年7月30日国家工商行政管理总局令第44号）。
2009年6月1日开始施行的食品安全法，我国将于6月1日起正式启用食品流通许可证，取代已沿用了几十年的食品卫生许可证。卫生部、农业部、质检总局、工商总局、食品药品监管局5部门在食品安全的监管上，以分段管理为主，品种管理为辅，新法对食品安全的监管更为严格，今后不再发放食品卫生许可证，而改由各监管部门分段发放生产、流通许可证和餐饮许可。
具有与生产经营的食品品种、数量相适应的生产经营设备或者设施，有相应的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通风、防腐、防尘、防蝇、防鼠、防虫、洗涤以及处理废水、存放垃圾和废弃物的设备或者设施；三是有食品安全技术人员、管理人员和食品安全的规章制度；四是具有合理的设备布局和工艺流程，防止待加工食品与直接入口食品、原料与成品交叉污染，避免食品接触有毒物、不洁物。
全国工商系统已累计核发食品流通许可证594.64万个，加上原已领取食品卫生许可证并仍在有效期内的食品经营者，全国持有“两证”的合法食品经营主体总计达到613.38万户。
申请食品流通许可证所提交的材料，应当真实、有效、符合法定形式。申请人应当对其提交材料的真实性负责..
办理条件
（一）申请食品流通许可证，应当提交下列材料：
《食品流通许可申请书》；
《名称预先核准通知书》复印件；
经营场所合法使用的有关证明；
负责人的身份证明；
委托书以及委托代理人或者代表的身份证明；
食品安全管理制度；
与其经营活动相适应的食品经营设备清单；
提供食品从业人员健康证和卫生法规培训证复印件；
申请乳制品项目的经营者，还应提交开户行证明和书面声明等；
专职或者兼职食品安全管理人员的身份证明（初中以上学历证明和培训合格证明）；
工商部门要求提交的其他材料。
