扫描电镜可以采集多种不同类型的信号用于成像和分析，其中二次电子(SE)和背散射电子(BSE)信号是基本也是常见的两种信号类型。
不同厂家和型号的电镜在采集SE，BSE信号时所用的探测器都具有各自特的技术，但旁置式二次电子探测器和极靴下背散射电子探测器在架构和工作原理方面相对固定，应用也很广泛，因此本文只会对旁置式二次电子探测器和极靴下背散射电子探测器进行介绍。
使用全新样品定位方法创建多视角（ Multiview） 数据
使用折射率 n=1.38 的 Scale 介质（Hama 等，Nat Neurosci 期刊，2011 年），或折射率 n=1.45 的水性澄清液（例如：CelExplorer Labs 公司生产的 FocusClear™ 产品）进行透明处理的组织来完成实验
使用可选的触发界面维持生理条件，充分发挥成像信息和环境条件控制两者相结合的优势
光透技术
真空系统主要包括真空泵和真空柱两部分。
真空柱是一个密封的柱形容器。真空泵用来在真空柱内产生真空。有机械泵、油扩散泵以及涡轮分子泵三大类，机械泵加油扩散泵的组合可以满足配置钨灯丝枪的扫描电镜的真空要求，但对于装置了场致发射枪或六硼化镧及六硼化铈枪的扫描电镜,则需要机械泵加涡轮分子泵的组合。成象系统和电子束系统均内置在真空柱中。真空柱底端即为右图所示的样品室，用于放置样品。
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