自主创新所具有的优点对高技术企业成长具有重要的意义。一是给予自主创新者的技术垄断地位和保护，自主创新在技术方面就具有了较强的壁垒。二是由于跟进者对新技术的解密、消化、模仿需要一定的时间，发展成为较强的竞争者也需要一定的过程，因此，自主创新企业能在一定时期内占某项产品或工艺的核心技术，使自己在竞争中处于有利地位。
在高企申报办理过程中常常涉及到以下费用：
一：知识产权费用
知识产权费用一般包括专利的撰写费和专利的官费：
一般三年以上的企业需要申报15~18个专利，
以实用新型为例，一个撰写费市面上一般在1800元~2500元
的官费有两种情况
1：企业上一年度应纳税所得额超过100万：不享受官费85%的减免政策官费1105元/件
2：企业上一年度应纳税所得额不超过100万：享受官费85%的减免政策，官费170元/件
二：审计费：
认定申请需要有的高企审计机构对企业进行审计
总共五个报告：近三个会计年度的审计报告
两个专项审计报告：高新技术产品专项审计报告和研发费用专项审计报告
这五个报告一般需要25000元左右，具体看企业选择的审计机构而定。
三：技术查新费：
一般三年以上的企业需要做6~8个查新报告，大概费用在6000元左右
四：产品的检验检测报告：
一般企业做两三项检测就够了，需要的第三方检测中心出具的检验检测合格报告。大概费用在9000元左右
五：产学研合作协议
此项企业如有认识的大学院校资源可直接签约，费用根据学校的情况而定。
六：高企代办中介费：
此项如若企业自己申报可忽略，如请的高企代办中介服务费多少不等，收费模式不等，具体参照高企代办机构报价。
目前来看，高新技术服务费有两种主要模式
一、固定金额
即：双方就认定代办一事谈定一个固定的价格和确切的支付条件以及支付时间。使用这种支付方式的一般为老牌的正规机构。
二、比例提佣
即：企业通过认定，拿到相关补贴后。机构按照比例抽取一定的。至于比例，由双方商定。实用此类支付方式的，一般为近几年新成立的机构。因近年高企补贴大幅度提升。催生的新的机构和新的收费模式。
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