猪粪质地较细，含有较多的有机质和氮磷钾养分，猪粪分解较慢，适宜做基肥，但人们通常认为猪是很脏的动物，其实猪是很爱干净的，在猪圈中，猪的吃喝拉撒睡都有固定的位置，在现代化养猪条件下，猪粪处理是一项关键的环保技术，否则会引起环境污染，经过滚筒反应器好氧发酵处理，可以猪粪便加成有机肥，达到、无排放、无臭味，使粪土变成黄金。现有的猪粪发酵时，只是对其进行简单的处理，现有的猪粪发酵装置在使用时，效果不好，降低了发酵效率，同时会产生硫化氢，影响环境和人身体健康，不方便使用者的使用，降低了猪粪发酵装置的实用性。
有机废弃物，包含人畜粪便、餐余垃圾、污水处理厂的副产品污泥、瓜果蔬菜市场废弃的烂瓜果烂菜叶等等，其年产量是同期工业固体废弃物产量的10倍，量大且集中，如不及时处理将带来严重的环境污染。对有机废弃物进行堆肥化处理(好氧发酵)可以实现废物的资源化利用，因此获得了广泛的应用，人们尝试着开发了众多的好氧发酵反应器，试图提高好氧发酵的效率，降低发酵设备的制造成本和运行成本。
菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情况下，每亩土地使用菌肥的量为10-15公斤。
2. 施用时间：菌肥可与基肥一同施用，也可作为追肥使用。一般在种植前2-3周施用，或者在植物生长期间按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后轻轻耕入土中，也可与底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免阳光直射和高温环境，尽量保存在阴凉干燥处。
此外，在施用菌肥时，应避免与农药等化学物质混用，以免发生不良反应。
生物菌肥的应用范围广泛，可以用于农田、果园、花卉、蔬菜等各类植物的生产中。它能够改善土壤质量，提高作物产量和品质，降低化肥使用量，减少农业对环境的负面影响。同时，生物菌肥还可以用于土壤修复和废弃物处理等领域，具有很高的应用前景和市场潜力。
微生物代谢物有直接杀菌的作用且进入土壤会在根际定殖，抢占生态位点让线虫及真无法侵染。有益微生物进入土壤会在根系周围产生大量粘多糖与植物分泌的粘液及矿物胶体、有机交替相结合，形成土壤团粒结构，提高土壤蓄肥、保水能。
菌肥提高果实内在品质，农产品糖度、蛋白质、纤维素、胡萝卜素、钙、锌等营养成分均有大幅提高，表现为果实口感好，脆甜可口，畸果少，耐储运；表观品质提高，果实齐整，个大，果品上色好，表面硬度高，表光好；提前成熟，果实增重增产显著。
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