招标代理结构的立性差同时也极易促成代理机构、招标方与投标方三者之间相互勾结，影响甚至操纵招投标结果的不利局面。在对招标代理机构进行审计时，审计人员应对代理机构、招标方与投标方三者之间的往来和关系进行审查。
招标方考虑到自身利益或者与投标方存在的利益关系，在对评标成员进行选择时通常不会按照规定采取随机抽签临时选择的方式。甚至有时招标方、评标成员和投标方相互勾结，进行权钱交易或偏向性评分。在对评标进行审计时，审计人员应对其的产生方式与立性进行着重审查，防止评标不公平现象的产生。
审计人员在对招投标项目进行审计的过程中，有时对招投标审计的职能认识与定位不清楚，对招投标审计的责权不明晰。所以，常会出现审计人员参与到建设项目的管理决策过程中的情况，产生审计管理越位与错位现象。因此，审计人员在对招投标项目审计之前给自己的工作做好定位，清楚自己的工作职责，将自己的行为规范在职责范围内。
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