进行笔迹鉴定时要了解案件有关情况，明确鉴定要求，査验笔迹物证和笔迹样本；分析判断笔迹是否正常，有无伪装或由于其他原因引起的变化；选择能反映书写人书写习惯的稳定的和带有特殊意义的特征；对检材和样本中找出的特征进行比较，找出符合点和差异点；对符合点和差异点的形成原因综合评断;做出鉴定意见并制做鉴定书。
笔迹鉴定要根据检材笔迹的特点和案情，准确地判断笔迹特征的变化或伪装以及变化或伪装的原因与程度。如检材笔迹熟练程度一致，书写水平与语文水平相适应、运笔自然，笔画间搭配比例协调，书写动作规律性强，既可认定其为正常笔迹。如检材笔迹的大小与斜度程度不均匀，书写速度不一致，运笔不自然，笔画转折生硬但书写动作有一定体系，相同的单字、笔画特征基本一致，说明它是由于客观原因或出伪装以外的其他主观因素影响形成的变化笔迹。
笔迹鉴定可以通过笔迹熟练程度不一致，书写动作不成系统，笔画弯曲、断续，且有停顿、修描痕迹，字的结构与形态不正常，动作技巧能力与语文水平不相称，一般可判定其为伪装笔迹。
笔迹鉴定仅仅凭借肉眼与经验识别，其可靠性有很大的局限性，也存在困难并很难形成说服力，现在行业内都通过辅助性的便携式视频显微镜来进行现场 识别!如Anyty的MSA200\WM401TV等显微镜识别可把微小的东西放大，在100-200倍率左右就可很清晰看到宣纸的材质、墨迹的深浅力度等信息，在显微镜下一目了然。
笔迹鉴定机构需要对检材和样本的字迹进行比较分析，制作《笔迹特征对比表》，对检材与样本字迹反映出的笔记特征的异同情况、变化范围、变化程度、变化形成原因等逐一分析比对。一般的比较方法有：直接目测比较、现为观察比较、用测量工具或软件进行测量比较、重合比较、运用统计学原理和方法进行异同情况的统计分析。
笔迹鉴定可以通过书写习惯判断，书写习惯与笔迹两者是客体与客体反映对象的关系。书写动作表现为笔迹，而书写习惯寓于书写动作之中。书写习惯只有通过笔迹才能表现出来，才能被认识和运用。因为没有笔迹就无从考察书写习惯，认识书写习惯从研究笔迹入手。笔迹鉴定就是通过分析比较检材笔迹与供鉴定人的样本笔迹，确定两者是否由同一人书写习惯体系的反映，从而根据习惯体系的异同,肯定或否认检材笔迹的书写人，为司法或动提供有力的依据。
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