由于总面积是一定的，而许多第三方物流企业在建造自动化立体仓库时只重视办公、实验(包括研发)的面积，却忽视了库房面积，因此造成了这种局面，即为了满足库容量的需要，只好通过向空间发展来达到要求。但是货架越高，机械设备的采购成本和运行成本也就越高。除此之外，由于自动化立体仓库内优的物流路线是直线形的，但在仓库设计时往往会受到平面面积的限制，造成本身物流路线的迂回(往往是s形，甚至是网状)，这会增加许多不必要的投入和麻烦。
自动化立体仓库的上游、下游及其内部各子系统的协调，有一个木桶效应的问题，即短的那一块木板决定了木桶的容量。有的仓库采用了很多的高科技产品，各种设施设备也非常，但是由于各子系统间协调性、兼容性不好，造成整体运作能力比预期差很多。
传统仓库只是货物储存的场所，保存货物是其的功能，是一种“静态储存”。自动化立体仓库采用的自动化物料搬运设备，不仅能使货物在仓库内按需要自动存取，而且可以与仓库以外的生产环节进行有机的连接，并通过计算机管理系统和自动化物料搬运设备使仓库成为企业生产物流中的一个重要环节。企业外购件和自制生产件进入自动化仓库储存是整个生产的一个环节，短时储存是为了在的时间自动输出到下一道工序进行生产，从而形成一个自动化的物流系统，这是一种“动态储存”，也是当今自动化仓库发展的一个明显的技术趋势。
随着国家经济的持续向好和对自动化立体仓库需求较高的烟草、医药、机械等行业的持续快速增长，未来自动化立体仓库面临着较大的市场需求。以医药行业为例，据国家统计局数据显示，截至2012年，中国工业总产值在2000万以上的企业数量为6075家，以10%的需求量计算，医药行业对自动化立体仓库的需求量就有607套，而保有量不足200套，市场前景可观。
自动化立体仓库可以形成的生产链，促进了生产力的进步。人士指出，由于自动化立体仓库的存取，因此可以有效地连接仓库外地生产环节，可以在存储中形成自动化的物流系统，从而形成有计划有编排的生产链，使生产能力得到了大幅度的提升。
板材立体仓库的优点包括提高空间利用率、降低劳动强度、提高管理效率等。这种仓库能够将原本分散、混乱的板材存储变得有序、，同时能够降低人力成本，提高生产效率。
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