笔迹鉴定的原理是书写习惯本身具有特殊性和相对的稳定性。书写习惯的特定性表现在每个书写人的书写习惯体系是特定的，与其他人都不相同，一个人书写一定的文字手稿，在其反映出的书写动作、文字布局、书面语言三方面习惯中，有一部分习惯是很多人共有的，有一部分习惯是一部分人少有的、甚至是特有的，那些共有的、少有的、特有的书写习惯便构成各人书写习惯体系，是一习惯区别于另一习惯的本质。
笔迹鉴定可以根据书写习惯又有其相对的稳定性，其习惯体系能在一定时期内保持稳定而不发生根本的改变。书写习惯的相对稳定性是笔迹鉴定的一个不可缺少的条件。书写习惯体系可能受到主客观条件的影响而发生改变，如生理因素、心理因素、书写工具、以及个人可以伪装等，但从总的方面讲，在一定时期内，这些改变不会对鉴定造成根本性的影响。
笔迹鉴定机构需要对检材和样本的字迹进行比较分析，对检材与样本字迹反映出的笔记特征的异同情况、变化范围、变化程度、变化形成原因等逐一分析比对。一般的比较方法有：直接目测比较、现为观察比较、用测量工具或软件进行测量比较、重合比较、运用统计学原理和方法进行异同情况的统计分析。
笔迹鉴定是多种学科知识和研究成果的产物。由于文件物证种类繁多、形式各异，实践中需要解决的问题又十分复杂，这就决定了文件检验的基础科学知识相当广泛，涉及到哲学、文字学、语言学、心理学、生理学、物理学、数学、化学等社会科学、自然科学和技术科学的各个领域。离开上述科学知识和方法，文检工作就无法开展，同时各个学科的发展、相互渗透与综合又为文件检验技术开辟了更加广阔的前景。
笔迹鉴定只有在对书证物质属性发生怀疑或是书证内容无法辩认时才需要对其进行技术鉴定，如怀疑其被篡改伪造或是文字内容模糊不清时。这时该书证就不仅仅是一般意义上的书证了，它同时也具有了物证的属性。作为物证的文件大多也具有书证的性质，如反动标语、反动传单以及被篡改伪造的票据等。
笔迹鉴定鉴定仅仅凭借肉眼与经验识别，也存在困难并很难形成说服力，尤其是在拍卖现场或研讨会上;现在行业内都通过辅助性的便携式视频显微镜来进行现场，在显微镜下一目了然，有经验的字画爱好者，根据这些信息，就可判断字画是否为真迹。
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