冷藏集装箱的基本类型按使用功能分有隔热式、自冷式和冷热式三类，隔热式集装箱设有隔热层的箱体,不设制冷机组。这类箱子在一端有风口,可外接冷风,故又称通风式:自冷式集装箱本身带有制冷机组。其制冷机组又有机械式(固定机组式或挂装机组式)和非机械式之分。机械式制冷机组多为R12、R22、R502或R134a等氟利昂制冷机。非机械式制冷机组利用液氮液态二氧化碳等制冷:冷热式集装箱类同于机械式,它除了能向集装箱供冷之外,必要时还能对箱体加热,提高并保持箱内一定的温度。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
这种类型的冷藏标集装箱是为了满足需要冷冻或低温保存货物的需求，一般分为内藏式和外置式两种类型，前者设有冷冻机，一些需要保鲜冷冻的蔬果或是肉类可以通过这种非标集装箱来回运输，走过千山万水，但它的造价和运营费用都令人瞠目结舌，因此随时调控箱体内温度，消耗不超额。
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