笔迹鉴定样本一般为平时样本，收集的样本材料中，相同的字迹一般不少于三个，平时样本又分为案前样本与案后样本。案前样本，是指被鉴定人在案件形成前所书写的笔迹，能更真实地反映被鉴定人书写习惯。案后样本，是指案件发生后被鉴定人在日常工作和生活中书写的自然笔迹。其作为样本的价值也比较高，但存在被鉴定人故意伪装的情况。
笔迹特征的比对方法通常有但不仅局限于以下几种方法。 a) 直观比较：对检材和样本笔迹特征进行目测比较，对有价值的特征在《笔迹特征比对表》上进行标识，显示其异同。 b) 显微比较：对检材和样本笔迹特征进行显微观察和对比分析，对有价值的特征在《笔迹特征比对表》上进行标识，并作必要的说明。 c) 测量比较：用测量工具或软件对检材和样本字迹中某些笔迹特征，如布局、形体、搭配比例及笔画的角度、弧度、距离等进行测量比较。 d) 重合比较：对怀疑是出自同一母本的摹仿笔迹，或怀疑检材字迹摹仿某样本字迹的，可将对应的字迹进行重合比对。 e) 统计分析比较：运用统计学的原理和方法，对检材和样本字迹笔迹特征的异同情况、变化范围、符合程度等进行统计分析。
因为笔迹鉴定准确度通常受限于样本质量和年限等诸多问题，当提供样本文本过短或相隔时间过久都会造成鉴定准确率不高。所以，当事人如果对鉴定结论不服时可以申请重新鉴定，但当事人就不能只是单纯的提出申请，避免因为鉴定结果的对自己不利性而提出质疑，而要围绕重新鉴定申请准备充分合理的理由，或提供更多有效的样本文本进行复检。比如对鉴定结论的异议之处提出充分合理的依据，包括针对鉴定程序和鉴定结果等等。
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