对于腐植酸钠的化学结构仍然存在争论，一种观点认为芳香族结构的物质占主导地位，另一种观点则认为脂肪族结构的物质占主导地位。引起争议的原因是多方面的，比如腐植酸的来源、提取方法、纯化和分析方法等众多的因素。
由于腐植酸钠结构的复杂性，目前对腐植酸钠的降解特性仍然存在争议。而据研究表明，腐植酸钠中仅有少部分是可生物降解的，大部分具有生物抑制基团。但黄廷林等的进一步研究指出，腐植酸钠具有一定的可生物降解能力，只因受到生物反应器的各种因素的影响，其速度一般较慢。
腐植酸钠经一般毒性和特殊毒性试验证明安全,如腐植酸钠对大鼠口服LD50，12克/千克，用腐植酸钠对小鼠灌胃LD50，3150毫克/千克，犬口服大耐受量LD50，4克/千克。
腐植酸钠不但没有毒性而且还有作用，对重金属、马钱子碱等有作用，并可降低尿素毒性。
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