各经济特区外经贸主管部门按照外经贸部规定的必要条件和标准，自行审批在经济特区内从事进出口业务的外贸企业，并报外经贸部备案。外经贸部已核准五个经济特区1996年的总量为2013家。
科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部；地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
进出口权原则上直接赋予科研院所，不另外批准成立新的进出口公司。科研院所已有企业法人营业执照的，进出口权直接授予该单位；科研院所本身没有企业法人营业执照的．对外经营权可根据申请单位要求授予的一家直属全资全民所有制企业。
变更企业名称须经工商行政管理机关办理名称预先核准，报外经贸部办理相应批准手续；注销的须报外经贸部备案。
可以直接从事自营进出口业务。
在批准的进出口业务范围内，可以经营该企业或院所自产产品的出口业务，经营该企业或院所生产、科研所需的机械设备、零配件、原辅材料的进口业务。
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