冷链运输过程依靠冷冻或冷藏等车辆进行，冷冻或冷藏车辆除了需要有一班货车相同的车体与机械之外，额外在车上设置冷冻或冷藏与保温设备。在运输过程中要特别注意是连续的冷藏，因为微生物活动和呼吸作用都随着温度的升高而加强，如果运输中各环节不能连续冷藏的条件，那么货物就有可能在这个环节中开始腐烂变质。在运输时，应该根据货物的种类、运送季节、运送距离和运送地方确定运输方法。在运输过程中，尽量组织“门到门”的直达运输，提高运输速度,温度要符合规定。为保持冷冻货物的冷藏温度，可紧密堆码，水果、蔬菜等需要通风散热的货物，在货件之间保留一定的空隙，以确保货物的完好。
需要冷链运输的产品一般是鲜活食品，包括蔬菜、水果、肉、禽、蛋、水产品等，还有诸如鲜奶，巧克力等。其中水产品和鲜奶饮品可能还需要特定的冷链箱进行储存运输。
公路运输具有成本低，灵活性强，门到门等优点。其中门到门是因为灵活可以直接从生产点到配送点;铁路运输具有速度快，大容量，准确性等优点，几乎不受天气因素的影响;海路运输则具有运输量大，运输成本低等优点;航空运输，速度快，便捷安全。
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