利用冷藏集装箱运输水果时，应考虑水果的呼吸作用和乙烯的催化作用，控制冷藏集装箱内的温度。气体法是一种比较普遍的方法，它意味着用气密材料包裹果蔬，使果蔬不能与同一种气体交流，果蔬根据自身的呼吸作用，使贮藏环境的气体含量达到适当的标准。可以适当地跳入机身，保持各种机身的平衡。其次是连接基调法。该方法是指通过检测设备检测并调整冰箱内部的气体含量，以使设定的基准与冷藏集装箱内部的各种气体的成分一致。
冷藏箱装载完毕并且电源接通后，应安排有经验的船员检查确认冷藏装置开始运转，温度正在逐步达到设定值。如果冷藏装置不运转，应当采取基本检查措施。许多冷藏货物索赔产生的原因是对于华氏度和摄氏度，以及正负温度的混淆。冷藏货物装上船后，就要注意确保温度设定正确。如果实际温度设定与货物运输指示之间存在任何差别，均应立即汇报。
二手冷藏集装箱在运输中的重要部分不仅仅是运输。为了运输质量效果，要检查其功能，注意不要在运输中损失货物。冰箱装船后，要检查冷藏或冷冻货物的原始质量，并在订单上说明。包装过程中要严格遵守装载原则，以防止冷风短路引起的冷却不平衡，降低冷却装置的冷却效率。长途运输时，箱内设置温度和实际温差不能太大。运输新鲜水果、蔬菜等要及时打开通风孔进行通风。
除了冷藏集装箱货物的设定值以及送风和回风的温度之外，温度控制系统还以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。美国农业部检测器可以记录货物的温度，该检测器的安装符合美国农业部水果运输的冷藏处理程序。托运人放置在货物中的数据记录器也将记录一般温度。当制冷装置出现故障时，温度显示和数据记录会显示一个逐渐稳定升温直至达到环境温度值的过程。同样，传感器只记录空气温度，不记录货物温度。货物将受到周围隔热材料的保护，以防止它们受到外部空气温度的影响。
二手集装箱可用作二次利用的工具，质量较好的二手集装箱，其实在经过简单的翻新后，也可再次用作运输工具。由于有些集装箱只是因为年代久远，或者是公司不再需要才被淘汰，其实并没有什么严重的问题，仍然可以继续使用。因此只需简单的进行翻新，就能后续的使用效果，实用性还是不错的。集装箱再利用需要经过严格的检验才行，所以一定要对基础进行确认，以免影响使用。
二手集装箱本身用金属材料比较多，所以二手集装箱以前都是以废金属的形式回收利用，价格也比较高，而且这几年金属材料的价格也不低，确实有很好的回收价值。假如真的集装箱已经比较破旧，不能再以集装箱的形式运输货物，那么也可以直接以金属材料的形式回收，价格方面还是很实惠的。由于容器所用的金属都是质量很好的，金属再利用的实用性还是有的。
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