冷链物流的运作过程较常态物流区别不大，只是冷链物流是针对易腐产品，因此在流通中全程冷藏温度来保障产品的质量、性能及食用的安全性。在整个冷链流通过程中，其核心问题即保持低温环境的供应链，这也是冷链物流与普通物流本质的区别，冷链物流要求更高的，更复杂的物流体系，更完善的网络建设，以及更大量的建设投资。
冷链运输过程依靠冷冻或冷藏等车辆进行，冷冻或冷藏车辆除了需要有一班货车相同的车体与机械之外，额外在车上设置冷冻或冷藏与保温设备。在运输过程中要特别注意是连续的冷藏，因为微生物活动和呼吸作用都随着温度的升高而加强，如果运输中各环节不能连续冷藏的条件，那么货物就有可能在这个环节中开始腐烂变质。在运输时，应该根据货物的种类、运送季节、运送距离和运送地方确定运输方法。在运输过程中，尽量组织“门到门”的直达运输，提高运输速度,温度要符合规定。为保持冷冻货物的冷藏温度，可紧密堆码，水果、蔬菜等需要通风散热的货物，在货件之间保留一定的空隙，以确保货物的完好。
需要冷链运输的产品一般是鲜活食品，包括蔬菜、水果、肉、禽、蛋、水产品等，还有诸如鲜奶，巧克力等。其中水产品和鲜奶饮品可能还需要特定的冷链箱进行储存运输。
生鲜从生产者到终端消费者之间的过程靠的就是冷链物流运输。冷链物流在装卸搬运、变更运输方式、更换包装设备等环节，运输的全过程都使所运货物始终保持一定的温度即恒温保存，可以大程度保障产品的新鲜和品质。
冷链物流的商品，由于生鲜商品的品质会随着外界的变化而变化，所以在流通的过程中，需要注意时间、温度以及产品的耐藏性等等各种特性。不同的生鲜产品，在运输的过程中要有对应的温度控制，储藏时间等，要求运输者严格把控生鲜产品的整个流通过程。这个过程让冷链物流，变得十分复杂。
冷链物流通常运用于食品和农产品领域。在电子商务平台的背后，都是生鲜的冷链运营。同时，生鲜冷链的配送环节，还解决了社区后一公里的配送问题，可以降低成本，利于网络生鲜电商客户的开发，供应链节点企业共同受益。从本质上来说，冷链物流还是物流。除了具有一般物流所具有的特质之外，它的核心目的是为了保障生鲜等特殊商品的品质。
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