在冷链运输的各个环节，都要谨慎处理，才能大限度地避免货损发生。
货物通过冷藏集装箱运输，通常采用袋装、货柜或者托盘装载的形式，货物在箱内的积载非常重要。冷藏集装箱的设计不是为了降低货物温度，而是为了保持货物温度，因此在货物装进冷藏箱前，应正确包装、合理积载，并按照运输温控标准预先制冷。在托运和整个运输过程中，要冷藏集装箱正常供电，并检查箱内温度是否与要求的货物运输温度保持一致。运输途中，船员还应定期检查冷藏箱的供电状况，并查看集装箱温度控制是否符合运输的指令要求。
冷藏集装箱的正常运转与货箱的制冷能力、温度控制、通风状况这三个主要因素密切相关。若因未尽到对冷藏箱的照看义务，或者机器发生故障等，导致三个因素中任何一个不达标，都有可能引起货损索赔。
针对冷藏货物的索赔或者潜在索赔，会员应及时通报协会，并配合协会安排检验师尽快检验，收集与货损有关的信息资料。船东要尽可能配合提供船上的相关文件，协助获取冷藏箱装前卸后的相关信息，货箱温度控制情况等。
在海上运输期间，船舶所有人责任对冷藏货物运输有一定的影响。通常情况下，承租双方在租约中约定，为冷藏箱提供动力设备是出租人的责任，而承租人负责实际的装箱和积载。这样的责任划分，需要进一步确定货损发生的确切时间地点以及原因。会员如遇到冷藏集装箱货物索赔时，应及时通知协会，以便协会提供必要的协助。
冷链运输过程依靠冷冻或冷藏等车辆进行，冷冻或冷藏车辆除了需要有一班货车相同的车体与机械之外，额外在车上设置冷冻或冷藏与保温设备。在运输过程中要特别注意是连续的冷藏，因为微生物活动和呼吸作用都随着温度的升高而加强，如果运输中各环节不能连续冷藏的条件，那么货物就有可能在这个环节中开始腐烂变质。
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