专项审计报告应包括以下主要内容：
一．说明部分
1．说明委托方名称（被审计企业名称）及委托目的（审计目的）；
2．说明会计责任、审计责任、审计依据。
企业及项目基本情况
1．企业基本情况，包括：公司名称、注册日期、营业执照颁发机构、注册号码、注册资本，法定代表人、公司住所，经营范围。
2．简述项目情况。
基金项目合同及相关规定
1．项目申报时间、项目名称、合同签订时间、立项代码、取得创新基金资助金额及资助方式。
2．项目投资总额。
3．创新基金用途。
4．项目合同规定的各项经济指标情况。
合同执行期间项目各项经济指标完成情况
1．资金到位情况
2．资金支出情况
3．项目各项经济指标完成情况
（1）项目实现销售收入情况（按年度分列）
（2）项目成本情况
（3）项目缴纳税金情况
（4）项目应承担的期间费用
（5）项目实现利润
会计报表审计 ：各类企业年度会计报表和企业中期报表审计，常规业务审计主要用于提供给公司股东、上级单位或有关主管部门。
财务收支审计 ：各类企业年度报表、中期报表的债权债务以及收入和支出的审计。
事业单位审计：各类事业单位的年终财务报告，按照《事业单位会计制度》进行审计，以确认其财务报告的真实性、有效性、合法性提供给本事业单位或上级单位备用。
改制审计 ：各类全民所有制或个体所有制企业改变其所有权性质，包括该企业投资认定、损失认定、财务状况的认定情况等出具审计报告，提供有关财政、工商、企业主管部门使用。
贷款审计 ：各类企业是否具备银行要求的贷款条件，需对其财务报表（资产负债表、利润表、现金流量表）中的资金使用，财务的管理、经营效益等财务状况出具审计报告。
司法鉴定审计：各类企业或个人在诉讼中接受法院、检察院、或当事人的委托，对涉及诉讼的经济事项或其他事项的过程、结果进行专项审计，并出具具有法律认可的审计报告。
专项审计：各类企业单位、事业单位或上级主管部门，或因特殊利益、其他有关经济情况委托对其某方面进行的专项审计，并出具审计报告提供给委托方。
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