由于传热温差不同，在相同的室外环境条件下，风冷式冷水机运行的冷凝温度要比水冷式的高，因此在制冷量一样的情况下，风冷式冷水机组的耗电量会更高一些。从能效上来说，通常水冷式机组要比风冷式机组的制冷量要高出300~500 Kcal/h。风冷式冷水机组避免了水质过差地区造成冷凝器结垢、水管堵塞的问题，并节约了水资源。但其使用的翅片式冷凝器的换热效率受灰垢积聚的影响较大，散热翅片管前须设置滤尘栅网，并且需要定期清洗。
风冷式冷水机的噪音主要来自于压缩机、循环水泵和风机这几个部件，其中风机的噪音是主要的，常规的小型风冷式冷水机的噪音还是比较小的，一般在65dB(A)左右，可以在普通的室内环境下使用，如果是在有静音要求的地方比如实验室使用，则需要考虑冷水机组的降噪问题。超过20HP的风冷式冷水机组，建议安装在距离人员工作环境略远的室外环境比较合适。
风冷式冷水机组在使用和后期维护中可能需要补充一定量的循环水，所以安装位置应当考虑有自动补水的水源，以及设备检修时可以方便地将循环水排出；如果风冷式冷水机采用的是手动补水的方式，则只需考虑设备的排水问题就可以了。应当尽量减少风冷式冷水机与被控温设备的距离，这样的好处是可以减少冷冻水在管路中的压降和冷量损失，而且机组没有远程控制功能时方便操作设备。
在购买风冷式冷水机之后，应该安全操作规程，的人员进行操作，并进行培训。操作人员每天上班之前或之后，要对风冷式冷水机进行清理，包括机身是否有灰尘或其他杂物，尤其是风机的清理，要确保干净无灰尘，才能确保冷水机的散热效果。应该在环境温度低、场地平整的地方使用，使用环境不要潮湿，也不可在粉尘较大的地方使用，周围空气不要有腐蚀性，或者是有危险化学物品的地方。
分体式结构的风冷冷水机出现制冷剂泄漏现象，一般都是机组部件有漏点，比如制冷系统四大件之一的蒸发器。毕竟蒸发器左右两侧的焊口比较多，可能出现的漏点会多一些，这就需要工厂的蒸发器制作人员的焊接。蒸发器会出现漏点，主要原因还是焊接技术欠佳，在没有把铜管烧红（温度没有达到600℃～700℃），就把焊条放在焊口处，铜管和焊料没有熔合在一起，造成焊口夹焊、有麻渣、不光滑，使用时间一长，就会出现漏点。
当分体式风冷冷水机的蒸发器出现泄漏，要将机组停机，然后电话联系厂家安排售后服务人员进行处理。在处理制冷剂泄漏问题时，可以将蒸发器卸下焊接，拆卸的方法是：
1、找准漏点后，做好标记；
2、如果制冷系统内还留存有制冷剂，要先把制冷剂收存起来；
3、用两个8寸或10寸扳手卸下室内机连接锁母，卸下室内机右侧电气盒；
4、卸下蒸发器后侧固定管路、夹板，拆去室内蒸发器左右定位螺钉；
5、左手从室内机后侧轻轻抬起管路，使蒸发器前移。用右手将蒸发器拉出5cm后，用双手将蒸发器旋转90度，顺着管道拉出（注意双手操作，切勿把翅片碰倒）。
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